Hitta hit:
T-bana: Universitetet
Frescativägen 40

Ordinarie öppettider:
Tisdag-söndag 10-18

  • Huvudmeny

Från provtagning till resultat

Hur ser vägen ut från provtagning och resultat? Här kan du läsa en kort sammanfattning av materialets väg från provtagning till färdig sekvens.

Frågeställning som grund

Frågeställningen är själva grunden. När man har en klar bild av vad man vill vet så gäller det att anpassa valet av provmaterial och DNA att studera. Det måste också finnas praktiska förutsättningar, som material för provtagning, laboratorie-utrustning och personal för både insamling och analys.

Rena prover

Något som också är viktigt är att hålla allt så rent som möjligt. DNA är ju en mikroskopisk molekyl och det är lätt hänt att DNA från olika prover blandas ihop, eller att DNA från andra källor hamnar i proverna. Miljöprover innehåller alltid en viss mängd ”skräp-DNA” som kan komma från alla möjliga organismer; djur, växter, mikroorganismer, svampar och från en själv.

Detta är inte alltid ett stort problem. Eftersom man använder specifika primersöppnas i nytt fönster, kan man ändå få fram det DNA som man är intresserad av. Dessutom kan man studera fler arter på samma gång. Läs mer om fel som kan drabba DNA-analyseröppnas i nytt fönster.

DNA bryts ner

Det DNA som finns i cellerna hos levande organismer underhålls och repareras ständigt. Men i död vävnad bryts det istället ner. Hur snabbt nedbrytandet sker beror helt och hållet på vilken typ av vävnad det är och i vilken omgivning den befinner sig. Nedbrytandet orsakas av en mängd olika faktorer (se nedan), där tiden är den mest ofrånkomliga. Om inte förhållandena är ytterst fördelaktiga så försvinner tillslut allt användbart DNA.

Fem av de viktigaste faktorerna som bryter ner DNA. Illustration: Erik Ersmark

Fem av de viktigaste faktorerna som bryter ner DNA: Värme, UV-ljus, tid, mikroorganismer och fukt. Illustration: Erik Ersmark

Tvättning och analys

Efter att man samlat in sina prover, ska dessa behandlas i ett laboratorium där DNA:t extraheras fram. Det sker först genom att man löser upp materialet i proverna och filtrerar bort allt som inte är DNA. Därefter väljer man ut det DNA som man vill studera, oftast genom att använda primers och kopiera en eller flera DNA-sekvenser med PCR.

Det är också möjligt att behandla DNA:t i provet för att sedan kunna läsa av allt, inklusive "skräp-DNA". Avläsningen sker i samband med den så kallade sekvenseringen. Den kan utföras med hjälp av olika typer av sekvenseringsmaskiner, men resultatet är detsamma - en digital fil som innehåller DNA-sekvenserna.

Digital analys

När man fått fram sina DNA-sekvenser jämförs sekvenserna med andra genom olika former av digitala analyser. Om man vill ta reda på vilken art som en sekvens tillhör så är det lätt gjort genom att använda någon av de databaser som finns tillgängliga online, till exempel GenBanklänk till annan webbplats, öppnas i nytt fönster.

I dessa kan man enkelt klistra in sin sekvens och söka efter liknande sekvenser. I bästa fall hittar man någon som är väldigt lik eller identisk med sin sekvens, och kan då direkt få information om art och population. Man kan också jämföra sina sekvenser inbördes för att ta reda på släktskap och uppskatta den genetiska diversiteten.

Har du några funderingar?

Om det är någonting du undrar över. Kontakta i så fall gärna vår jourhavande genetiker.