eDNA genomics

Projektöversikt

Projektperiod: 2022-2027

Enheter från museet: Bioinformatik och genetik

Miljö-DNA (eDNA) har framträtt som ett kraftfullt verktyg inom genomik med olika tillämpningar inom miljöövervakning, bevarande och ekologisk forskning. eDNA syftar på det genetiska materialet som lämnas av organismer i deras omgivande miljö, såsom vatten eller mark. Dessa rester kan samlas in och analyseras för att dra slutsatser om närvaron, förekomsten och mångfalden av olika arter. Denna icke-invasiva metod har blivit populär på grund av dess många tillämpningar. I vårt laboratorium utvecklar vi beräkningsmetoder för analys av miljö-DNA.

Projektbeskrivning

Vi arbetar med följande tillämpningar av eDNA:

Biodiversitetsövervakning: eDNA möjliggör upptäckt av arter utan direkta observationer, vilket gör det värdefullt för att spåra sällsynta, svårupptäckta eller kryptiska arter. Det ger en omfattande bild av biodiversitet i olika ekosystem, vilket underlättar bedömningen av ekosystemets hälsa och förändringar över tid.

• Upptäckt av invasiva arter: Vi kan använda eDNA för att tidigt identifiera invasiva arter och därmed hjälpa till att hantera och förhindra deras spridning.
• Bevarande av utrotningshotade arter: Övervakning av eDNA kan bidra till bevarande av utrotningshotade arter genom att tillhandahålla kritisk information om deras fördelning och populationsdynamik. Denna information är avgörande för att genomföra effektiva bevarandestrategier.
• Övervakning av restaureringsinsatser: Vid återställning av habitat kan eDNA hjälpa till att följa upp framgången för dessa insatser genom att bedöma om målarterna återkoloniserar området. Detta hjälper bevarandebiologer att fatta informerade beslut om vidare förvaltning.
• Kriminalbiologi: I kriminaltekniska undersökningar kan eDNA användas för att identifiera arter involverade i brottslig verksamhet, såsom tjuvjakt eller illegal handel med vilda djurprodukter.
• Paleoekologi och arkeologi: Genom att analysera historisk eDNA bevarad i sediment eller andra substrat kan vi rekonstruera tidigare ekosystem och avslöja information om forntida arter och miljöer.
• Detektion av patogener: eDNA kan hjälpa till att övervaka närvaron av patogener i miljöer, såsom spårning av sjukdomsutbrott i vilda populationer eller identifiering av potentiella källor till vattenburna sjukdomar.
• Övervakning av föroreningar: eDNA kan användas för att bedöma effekterna av föroreningar på ekosystem genom att studera förändringar i artsammansättning och hälsa.

I grund och botten är tillämpningarna av miljö-DNA med hjälp av genomik omfattande och under ständig utveckling. Tekniken har revolutionerat sättet vi studerar och förstår den naturliga världen på, och erbjuder insikter som tidigare var svåra eller omöjliga att få genom traditionella metoder. Vi förbättrar kontinuerligt våra analysmetoder för att få alltmer exakta insikter från miljö-DNA-data.

Finansiering

Wallenberg- och SciLifeLab Data-driven-life-science-stipendiet