Flodpärlmussla höger sida
Flodpärlmussla ovansida
Flodpärlmussla vänster sida
Flodpärlmussla undersida
Flodpärlmusslan har under 1900-talet försvunnit från omkring hälften av sina tidigare kända förekomster. Men redan före dess hade den utrotats på många platser. Det tidigare omfattande pärlfisket var en stark orsak. Den fortsatta tillbakagången har många orsaker: förorening, försurning, förändring av vattendragens karaktär och försvinnande värdfiskarter är troligen de viktigaste.
Igenslamning av bottnarna har troligen en negativ inverkan på det interstitiella stadiet i musslans liv och är därför ett allvarligt hot. Frånvaron av småmusslor i ett bestånd tyder på att reproduktionen inte fungerar. Detta är fallet i många sydsvenska bestånd medan det i landets norra delar fortfarande finns stora, normalt reproducerande populationer. Som miljöarkiv är arten mycket värdefull och användbar. Även dess kulturhistoriska värde är stort.