Fynd av fossil gör att forskare idag tror att det fanns bakterieliknande mikroorganismer redan för 3,5 miljarder år sedan, alltså ganska tidigt i jordens historia. Dessa mikroorganismer var sedan de enda livet på jorden under en miljard år, men uppvisade en mångfald av typer och former.
Överskott av syre
För cirka 2,5 miljarder år sedan finns bevis för att det fanns mikroorganismer (cyanobakterier) som producerade syre. I början användes allt syre till oxidation av organiskt material och järn (2+), samt sulfider. Så småningom uppkom ett överskott av syre som tillfördes haven, andra vattensamlingar och atmosfären (inklusive ett begynnande ozonskikt) som möjliggjorde en utveckling av mikroorganismerna mot mer komplexa livsformer. Stromatoliter är förstenade skikt av fossila mikroorganismer, bland annat cyanobakterier.
I slutet av prekambrium utvecklades i haven och andra vattensamlingar de första flercelliga djuren, växterna (alger) och svamparna.