Museets organisation ser ut på följande sätt:
Under ledningskansliet finns kommunikationsenheten och forskningsavdelningen, administrativa avdelningen och publika avdelningen. Inom forskningsavdelningen finns tolv olika enheter: vertebratzoologi, evertebratzoologi, entomologi, miljögiftsforskning, paleozoologi, paleobotanik, mineralogi, laboratoriet för isotopgeologi, fanerogambotanik, kryptogambotanik, molekylärsystematiska laboratoriet och Biodiversitetsinformatik.
På administrativa avdelningen finns enheterna:
- Ekonomi
- Personal
- Internt stöd och informationsteknik.
Publika avdelningen består av enheterna:
- Utställningar och pedagogik
- Publik service
- Program, upplevelser och Cosmonova.