Samlingarna vid Vertebratenheten sträcker sig från monterade däggdjur till fiskar i sprit, skinnlagda fåglar, skelett och vävnadsprover till ringmärkningsdata. På grund av deras olika karaktärer presenteras samlingarna under olika huvudgrupper med fokus på varje samlings egenskaper.
Föremålen i samlingarna lånas ut till vetenskaplig forskning under vissa villkor. Det finns dels generella villkor för lån från Naturhistoriska riksmuseet och dels specifika villkor för vissa samlingar beroende på samlingarnas olika egenskaper.