I början av 1970-talet var gråsälbeståndet i Östersjön hotat, främst av miljögifter. Sedan dess har halterna av miljögifter i gråsälarna successivt minskat, varför sälarnas hälsotillstånd har förbättrats och beståndet ökat. Sedan mitten av 1980-talet har samtidigt sälskadorna på yrkesfisket ökat kraftigt.Naturvårdsverket fastställde år 2001 en nationell förvaltningsplan för gråsälsbeståndet i Östersjön. Den innehåller bland annat riktlinjer för skyddsjakt på gråsäl och utförliga motiveringar för sådan jakt. Planen redogör även för insatser genomförda i syfte att försöka lösa problemen med skador orsakade av säl. Insatserna har huvudsakligen inriktats på att utveckla sälsäkra fiskeredskap och metoder, samt att lämna bidrag till sälsäkra fiskeredskap och ersättningar för sälskador.
Sedan år 2001 har Naturvårdsverket, med stöd av jaktförordningen och för ett år i taget, beslutat att skyddsjakt på gråsäl får genomföras i bestämda områden under bestämda tider. Jakten är så kallad avlysningsjakt, vilket innebär att den avbryts när ett fastställt antal sälar avlivats inom ett område. Bestämmelser finns för hur jakten få gå till och att prover från sälen ska sändas in till Naturhistoriska riksmuseet. En utförlig handledning för hur sådana prover ska tas se nedan.
Rapporter om genomförda undersökningar av material insamlat under 2003 - 2009 års avlysningsjakter finns att läsa nedan.
Under 2011 kommer även avlysningsjakt på knubbsäl genomföras i Västar Götaland och Hallands län. Mer information om beslutet hittar du under länken nedan.