Hitta hit:
T-bana: Universitetet
Frescativägen 40

Ordinarie öppettider:
Tisdag-söndag 10-18


  • Huvudmeny

Fisk-DNA från sälar

Rodrigo Esparza-Salas, intendent vid enheten för bioinformatik och genetik

Rodrigo Esparza-Salas. Foto: Rodrigo Esparza-Salas

Rodrigo Esparza-Salas. Foto: Rodrigo Esparza-Salas


Miljöprover har den stora fördelen att man slipper fånga in de organismer som man vill ta prover från. Ibland ges dock möjligheten att ta prover direkt från djur. Det kan handla om djur som fångats in eller dödats vid jakt, som bifångst, eller i trafiken. När det gäller vattenlevande djur kan man då även ta tillfället i akt och studera deras maginnehåll, för att på så sätt få en uppfattning om vad de äter. Det är ju annars väldigt svårt att observera djur under vattenytan, och spillningsprover är extremt svårt att få tag på. Den här typen av prover är därför mycket värdefulla.

I många fall är det faktiskt möjligt se vad maginnehåll består av utifrån de delar som inte brutits ner helt och hållet. Men då måste det finnas tillräckligt mycket kvar i magen, och ibland krävs en expert för att tyda vad ”matresterna” består av. Med hjälp av DNA kan man komma förbi de här svårigheterna, något som Rodrigo Esparza-Salas har utnyttjat då han undersökt gråsälar och andra rovdjur i vår havsmiljö.

Rodrigo arbetar på museets DNA-laboratorium, men har också länge varit aktiv i projektet ECOSEAL, där man studerar Östersjöns sälar och hur de påverkar yrkesfisket. Ett av projektets fokus har varit just sälarnas diet, och man har studerat denna på flera olika sätt. Bland annat har man samlat in prover av maginnehåll från sälar, infångade över hela Östersjön. Frågan som Rodrigo ställdes inför var om de här proverna innehöll något användbart DNA. Eftersom man ville ta reda på vilka fiskar sälarna åt, var det också en fråga om att hitta en metod som endast kunde urskilja fisk-DNA.


Gråsäl. Foto: Rodrigo Esparza-Salas

Gråsäl (Halichoerus grypus) i sitt rätta element. Foto: Rodrigo Esparza-Salas

 

Valet föll på att använda ”DNA-streckkoder”/barcodeslänk till annan webbplats, öppnas i nytt fönster. Dessa korta sekvenser av mitokondrie-DNA är mycket användbara för att identifiera arter, och kan även användas på prover som består av en blandning av fler arter tillsammans (metabarcoding). Efter mycket testande, lyckades Rodrigo till slut utforma en metod som tog fram fisk-DNA men inte säl-DNA och som kunde användas på maginnehållet. Eftersom nedbrytningen i magsäcken även gör DNA:t fragmenterat, var han tvungen att rikta in sig på korta DNA-sekvenser. Men det visade sig att cirka 200 baspar långa sekvenser faktiskt gick att få fram, vilket var tillräckligt för att kunna urskilja de flesta fiskarter.

I slutändan kunde mag- och tarmprover från 219 sälar användas. DNA-streckkoderna togs fram med hjälp av en teknik som läser av tusentals sekvenser på en gång, vilket resulterade i nästan 140,000 DNA-sekvenser från 34 olika fiskarter. Man kunde därmed få en riktigt bra uppfattning om vad den genomsnittliga dieten bestod av. Eftersom man också hade detaljerad information om sälarna, som fångstplats, kön och ålder, kunde dieten jämföras med dessa faktorer.

Genom att analysera sälarnas maginnehåll med hjälp av DNA fick Rodrigo inte bara fram en mängd intressant data. Han hade även lyckats ta fram en metod som nu kunde användas på annat än bara sälar: Alla djur som lever på fisk skulle kunna undersökas på precis samma sätt och även spillningsprover. Faktum är att Rodrigo har fortsatt att utveckla metoden och tillsammans med forskare på museet, SLU, Stockholms Universitet och Hav- och sötvattensforskningsinstitut (Island), ska den testas på både fåglar och andra havslevande däggdjur.

 

ECOSEALs rapportlänk till annan webbplats, öppnas i nytt fönster om säl-diet

 

 

TILLBAKA