Hitta hit:
T-bana: Universitetet
Frescativägen 40

Ordinarie öppettider:
Tisdag-söndag 10-18


  • Huvudmeny

Artbestämning i småkrypens värld

Daniel Marquina, doktorand vid enheten för bioinformatik och genetik

Daniel Marquina i DNA-labbet. Foto: Erik Ersmark

Daniel Marquina i DNA-labbet. Foto: Erik Ersmark

 

Att hitta och känna igen djur i naturen är inte alltid så lätt. Ännu svårare blir det om djuren är väldigt små och gömmer sig bland blad eller under stenar. Men de här småkrypen utgör en mist lika viktig del av ekosystemet som de större djuren.

Daniel Marquina är inne på sitt andra år som doktorand vid Naturhistoriska riksmuseet och håller som bäst på att utveckla en ny metod för att identifiera insekter med hjälp av DNA. Tanken är att metoden ska kunna visa hela sammansättningen av insektsarter i ett visst område på ett snabbt och enkelt sätt. För att kunna göra detta vill han använda den senaste sekvenseringstekniken tillsammans med s.k. DNA-streckkoder/”barcodes”länk till annan webbplats, öppnas i nytt fönster. De här streckkoderna består av korta fragment av mitokondrie-DNA som är en vanlig markör för artidentifiering. Målet är att man ska kunna analysera en massa insekter samtidigt, blandade i ett och samma prov (”metabarcoding”). Daniel vill också undersöka om det är möjligt att bevara insekterna så pass intakta att man kan studera dem på andra sätt efter DNA-analysen.

 

Varför vill man få reda på vilka insekter som finns ute i naturen?

- Tack vare en lång entomologisk tradition i Sverige, så är insektsfaunan här relativt välstuderad. Men det gäller inte alla insektsgrupper. Det finns fortfarande grupper där kanske upp till hälften av arterna är okända. Så en anledning är helt enkelt för att ta reda på vilka arter som faktiskt finns där ute. Att sedan känna till vilka insekter som finns på en plats kan vara viktigt av många anledningar. Det kan till exempel handla om att upptäcka arter som bär på parasiter som är farliga för människor. Det finns också arter som fungerar som en sorts bioindikatorer, som bara trivs i vissa miljöer, och därmed kan ge en bra inblick i miljöns status. Förändringar i artsammansättningen på lång sikt kan också ge viktig information om människans och klimatets påverkan på ekosystemet.

 

Men är det nödvändigt att studera insekternas DNA?

- Traditionella metoder fungerar fortfarande för att identifiera olika arter, men de har en del avgörande nackdelar. Främst tar det mycket lång tid att samla in och artbestämma insekter. Det kan ju handla om tusentals individer och det krävs ofta experter för att kunna skilja mellan arterna. Vissa, så kallade ”kryptiska arter”, är så lika varandra att det är extremt svårt att skilja dem åt. Genom att istället titta på deras DNA, är det betydligt lättare att identifiera dem och det går också mycket snabbare.

 

Daniel hoppas kunna utvinna insekternas DNA direkt från jordprover som detta. Foto: Erik Ersmark

Daniel hoppas kunna utvinna insekternas DNA direkt från jordprover som detta. Foto: Erik Ersmark

 

Hur välbevarat är DNA från insekter ute i naturen?

- Det är väldigt olika. Vi har använt Malaisefällorlänk till annan webbplats, öppnas i nytt fönster (uppfunna av den svenske entomologen René Malaise), där insekterna samlas upp i etanol, vilket fungerar bra för att bevara både insekter och deras DNA. Men i andra fall har vi använt jordprover och där är DNA:t i mycket sämre skick och mer fragmenterat. Däremot är det inte avgörande om DNA:t är helt intakt, eftersom DNA-streckkoderna i sig består av korta fragment. Så länge DNA:t inte är uppätet av mikroorganismer och vi kan få fram de här fragmenten så fungerar det.

 

Vilka svårigheter har du stött på i utvecklandet av metoden?

- Ett kritiskt steg är vid extraktionen av DNA i labbet. Det gäller att få ut så mycket DNA som möjligt från sitt prov, eftersom när detta väl är gjort så är proven förbrukade. Det är särskilt svårt i de fall där vi försöker bevara insekterna intakta under den här processen. För att lyckas måste vi använda lite mer omständiga metoder och handskas väldigt varsamt med insekterna. En annan svårighet är att designa de primers som ska användas till streckkodningen. Det gäller ju att de ska kunna passa allt DNA i proven, från alla arter, och då krävs det att man först studerar DNA från en massa olika insekter först.

 

Hur tror du att den här metoden skulle kunna underlätta i arbetet med miljöövervakning?

- Som jag nämnde tidigare så är den stora fördelen att det spar tid. Metoden kommer förhoppningsvis att kunna beskriva en insektsfauna på några få månader istället för att ta flera år. Det här skulle göra det möjligt för övervakare att genomföra fler provtagningar under en kort tid för att undersöka miljöns respons på olika händelser, eller för att utvärdera ett visst område för att exempelvis bestämma om bevarandeåtgärder.

 

TILLBAKA